Kemajuan teknik biologi
molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein (sejak
awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali
perkembangan pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan
data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960an di Amerika
Serikat, sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di
Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi
Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory).
Pangkalan data bioinformatika yang
terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil
sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi
sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program
aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses
program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.
Pangkalan
Data sekuens
biologi dapat berupa pangkalan data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat dan protein,
pangkalan data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan pangkalan
data struktur untuk menyimpan data struktur protein dan asam nukleat. Contohnya
PDB (Protein Data Bank).
Pengertian PDB
Protein
Data Bank merupakan kumpulan arsip tunggal mengenai data struktural
makromolekul biologi dari seluruh dunia. Penentuan struktur molekul protein
yang terdapat pada berkas PDB diperoleh dengan menggunakan data eksperimen.
Data eksperimen ini berasal dari kristalografi sinar-x atau spektroskopi
Nuclear Magnetic Resonance (NMR). Kemudian dilakukan proses dengan program
komputer untuk membuat model molekul yang paling sesuai data eksperimen. Situs PDB
dapat diakses pada alamat http://www.pdb.org/. Situs ini dapat diakses oleh
seluruh pengguna internet di seluruh dunia secara gratis.
Format file PDB (Protein Data Bank) merupakan suatau format file berbasis teks yang digunakan untuk menjelaskan
struktur tiga dimensi protein yang terdapat dalam Bank Data Protein (Protein
Data Bank). Protein Data Bank merupakan suatu proyek pendataan makromolekul
biokimia (seperti protein dan asam nukleat) yang dikembangkan oleh RCSB (Research
Collaboratory for Structural Bioinformatics, situs resmi). PDB dapat juga digunakan sebagai
input untuk simulasi dinamika molekul. Format file ini memiliki ekstensi (.pdb).
Fitur-fitur pada layanan PDB
File PDB dapat menjelaskan protein yang mengandung
ratusan bahkan ribuan atom.
Gambar 2.1 : Tampilan
PDB
Keterangan Struktur (setiap baris) :
- Search, Advanced dan Browse, untuk mencari data protein yang diinginkan.
- PDB-101, menampilkan striktur biologi data protein. Menjelaskan dengan metode apa struktur makromolekul tersebut ditentukan, pada gambar diatas, metode untuk mendapatkan struktur adalah dengan difraksi sinar-x.
- MyPDB, di dalam MyPDB terdapat link untuk login masuk menggunakan akun atau membuat akun baru. Untuk MyPDB Help Page untuk membantu pengguna jika tidak mengerti akan fitur-fitur yang akan digunakan dalam layanan ini.
- Home, di dalam kotak home terdapat News & Publications yang fungsinya untuk update terbaru atau jika menginginkan untuk publikasi. Ada juga deposition police yang jika di klik, didalamnya banyak menu juga seperti, kita dapat melihat arsip download, kamus senyawa kimia, kamus referensi molekul biologi, tutorial juga banyak informasi lainnya.
- Deposition, menyediakan tempat penyimpanan data, mikroskopi elektron, X-ray dan alat hubung.
- Tools, untuk mendownload file, membandingkan struktur, memetakkan, format file dan layanan istirahat.
- Help, sistem yang membantu pengguna, terdapat pengaturan penampilan, tutorial video dan Glossary.
Contoh :
Seperti gambar di atas jika kita ingin mencari “Nmda receptor antagonist”
maka akan muncul seperti di atas. Terdapat siapa saja penulisnya, tanggal
keluaran, percobannya, senyawanya, surat penghargaan serta gambarnya. Ada juga
filter pojok kiri atas yang gunanya
untuk memfilter hasil pencarian yang kita inginkan. Jadi tidak terlalu banyak
Program Visualisasi
Teman teman, dengan menggunakan program-program visualisasi protein kita
dapat melihat bentuk protein secara virtual dari file PDB. Selain melihat visualisasi, dapat digunakan memanipulasi serta mengubah
format PDB ke dalam format lainya. Berikut adalah beberapa program
visualisasi yang banyak digunakan oleh para ilmuwan, yaitu : Chimera, Cn3D, Coot, Gabedit, Jmol, Molden, Molekel, PyMOL, RasMol UGENE, Vislt, VMD dan Yasara.
Penutup
PDB (Protein Data Bank)
merupakan sebuah portal informasi yang menyediakan berbagai macam aplikasi
dan sumber untuk mempelajari struktur molekuler biologi serta hubungan dengan
sekuen, fungsi dan penyakit. wwPDB bekerja dengan memelihara dan menjamin arsip
tunggal Protein Data Bank yang berupa data struktur makromolekuler yang ada di
sumber-sumber internasional, serta menyediakan secara terbuka dan dapat bebas
diakses oleh masyarakat dunia. Sehingga, layanan ini disarankan untuk semua kalangan yang akan
mencari tahu karakteristik protein lebih detail ketika melakukan sebuah
penelitian. Karena dalam layanan ini terdapat beberapa program yang akan
memudahkan pengidentifikasian protein.
Sumber
Posting Komentar